Gedung yang kini dikenal sebagai Museum Mulawarman pada mulanya adalah Istana Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura. Pembangunannya digagas pada tahun 1936 oleh Sultan Aji Muhammad Parikesit (1920-1960) untuk menggantikan istana lama yang terbuat dari kayu.
Pembangunan istana megah ini dipercayakan kepada perusahaan beton Belanda, Hollandsche Beton Maatschappij (HBM), dengan arsitek bernama Estourgie. Prosesnya memakan waktu sekitar satu tahun dan selesai pada 1937. Arsitekturnya memadukan gaya Eropa klasik yang populer pada masa itu, terlihat dari pilar-pilar kokoh dan bentuk bangunan yang simetris, menjadikannya salah satu bangunan termegah di Kalimantan pada zamannya. Istana ini menjadi saksi bisu pusat pemerintahan dan adat istiadat Kesultanan Kutai hingga berakhirnya masa pemerintahan swapraja.
Setelah berakhirnya masa pemerintahan Kesultanan Kutai Kartanegara, terjadi perubahan status pada istana. Atas prakarsa Pangdam IX/Mulawarman, Brigjen Soekertijo, Pemerintah Daerah Tingkat II Kutai kemudian mengalihfungsikan bekas istana ini menjadi sebuah museum.
Pada tanggal 25 November 1971, bangunan ini secara resmi didirikan sebagai "Museum Kutai". Lima tahun kemudian, tepatnya pada 18 Februari 1976, pengelolaan museum diserahkan dari Pemerintah Daerah Tingkat I Kalimantan Timur kepada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Sejak saat itu, namanya diubah menjadi Museum Negeri Provinsi Kalimantan Timur "Mulawarman". Nama "Mulawarman" dipilih untuk menghormati Raja Mulawarman Nala Dewa dari Kerajaan Kutai Martapura, kerajaan Hindu-Buddha pertama di Nusantara yang merupakan cikal bakal peradaban di wilayah ini.
Museum Mulawarman menyimpan ribuan koleksi peninggalan bersejarah yang tak ternilai harganya. Koleksi ini menjadi jendela untuk melihat kejayaan dan kehidupan sosial budaya masyarakat Kutai dari masa ke masa. Beberapa koleksi utamanya antara lain:
- Singgasana Sultan: Kursi kebesaran raja dan permaisuri yang dihiasi dengan ukiran indah, menjadi pusat dari ruang pamer utama.
- Kalung Uncal dan Ketopong Sultan: Atribut kerajaan yang terbuat dari emas murni dan dihiasi batu mulia, digunakan dalam upacara penobatan raja.
- Patung Lembu Swana: Lambang kebesaran Kesultanan Kutai Kartanegara yang merupakan kendaraan mitologis Batara Guru.
- Prasasti Yupa (Duplikat): Replika dari tugu batu beraksara Pallawa yang menjadi bukti tertulis tertua keberadaan kerajaan di Indonesia.
- Koleksi Keramik: Berbagai keramik kuno dari Dinasti Ming, Qing, dan Yuan yang menunjukkan hubungan dagang erat dengan bangsa lain.
- Peralatan Adat dan Kesenian: Berbagai perangkat upacara adat, senjata tradisional seperti keris dan mandau, serta alat-alat kesenian khas suku Dayak dan Kutai.